中國科學(xué)院南京地質(zhì)古生物研究所成立于1951年，其前身為前中央研究院地質(zhì)研究所及前中央地質(zhì)調查所等機構的古生物室(組)，目前是我國唯一的從事古生物學(xué)(古無(wú)脊椎動(dòng)物學(xué)與古植物學(xué))和地層學(xué)研究的專(zhuān)業(yè)機構。 

　 著(zhù)名地質(zhì)古生物學(xué)家、中國科學(xué)院副院長(cháng)李四光教授為首任所長(cháng)，此后斯行健院士、趙金科院士、吳望始研究員、曹瑞驥研究員、穆西南研究員、沙金庚研究員先后任所長(cháng)，現任所長(cháng)楊群研究員。 

   1998年8月，本所成為中國科學(xué)院首批知識創(chuàng )新工程試點(diǎn)單位，2011成為首批“創(chuàng )新2020”整體擇優(yōu)支持的研究所。本所的創(chuàng )新總目標為充分利用我國古生物與地層資源的特色，本所人才和學(xué)術(shù)優(yōu)勢，聯(lián)合其他學(xué)科和單位，開(kāi)展古生物學(xué)和地層學(xué)基礎研究和應用基礎研究，以我為主，積極參與國際合作與競爭，力爭在古生物學(xué)和生物地層學(xué)前沿領(lǐng)域，以及全球重大地質(zhì)學(xué)和古生物學(xué)理論探討中，做出若干獨創(chuàng )性和有重大國際影響的創(chuàng )新成果，為我國地層古生物學(xué)的發(fā)展，為全民科學(xué)普及，國民經(jīng)濟建設和社會(huì )發(fā)展，以及國家知識創(chuàng )新體系建設做出更大的貢獻。 

　 本所將建設成為一個(gè)全球公認的古生物學(xué)與地層學(xué)研究中心、標本收藏與展示中心、信息與數據中心、人才培養基地。