中國科學(xué)院南京地理與湖泊研究所的前身系1940年8月在重慶北碚成立的中國地理研究所，是全國唯一以湖泊-流域系統為主要研究對象的綜合研究機構。中國科學(xué)院院士黃秉維、任美鍔、周立三曾先后擔任過(guò)所長(cháng)。 

　　研究所的戰略定位是：以探索自然和人文要素驅動(dòng)下湖泊（含人工湖泊水庫）－流域系統過(guò)程、格局及其相互作用規律為基礎，開(kāi)展湖泊資源環(huán)境及區域可持續發(fā)展研究。努力將研究所建成學(xué)科綜合優(yōu)勢顯著(zhù)、地域特色鮮明、國家知識創(chuàng )新體系中不可替代的國際著(zhù)名湖泊科學(xué)綜合研究和高層次人才培養基地；國家湖泊資源利用與環(huán)境治理工程技術(shù)研究中心；經(jīng)濟發(fā)達地區可持續發(fā)展科學(xué)研究與決策咨詢(xún)中心。 

　　研究所主要面向湖泊環(huán)境保護與資源利用、湖泊-流域系統演變與調控以及區域可持續發(fā)展三大研究領(lǐng)域，重點(diǎn)發(fā)展湖泊沉積與環(huán)境演化、湖泊水文與水資源、湖泊生物與生態(tài)、湖泊環(huán)境與工程、湖泊-流域過(guò)程與調控、流域資源環(huán)境與區域發(fā)展以及湖泊-流域監測與數字流域等學(xué)科方向?，F設有湖泊與環(huán)境國家重點(diǎn)實(shí)驗室、湖泊生態(tài)與環(huán)境工程研究中心、區域發(fā)展與規劃研究中心、湖泊野外觀(guān)測與數據中心（含太湖湖泊生態(tài)系統國家野外觀(guān)測研究站、鄱陽(yáng)湖湖泊濕地觀(guān)測研究站、撫仙湖高原深水湖泊研究站和湖泊流域數據集成與模擬中心）。 

　　研究所共有在職職工229人。其中科技人員178人、科技管理和技術(shù)支撐人員41人，包括研究員38人、副研究員及高級工程技術(shù)人員78人。 

　　研究所設有自然地理學(xué)、人文地理學(xué)、地圖學(xué)與地理信息系統和環(huán)境科學(xué)等4個(gè)學(xué)科博士研究生培養點(diǎn)以及自然地理學(xué)、人文地理學(xué)、地圖學(xué)與地理信息系統、環(huán)境科學(xué)、環(huán)境工程和建筑與土木工程等6個(gè)學(xué)科、領(lǐng)域專(zhuān)業(yè)碩士研究生培養點(diǎn)，并設有“地理學(xué)”博士后流動(dòng)站，現有在學(xué)研究生164人（其中碩士生75人、博士生89人），在站博士后16人。 

　　研究所目前是江蘇省海洋湖沼學(xué)會(huì )、江蘇省地理學(xué)會(huì )、江蘇省遙感與地理信息系統學(xué)會(huì )、中國地理學(xué)會(huì )長(cháng)江分會(huì )、全國第四紀研究會(huì )全新世專(zhuān)業(yè)委員會(huì )掛靠單位。主辦《湖泊科學(xué)》學(xué)術(shù)期刊。